Measurement date December 13, 1911 00:00:00 GMT
Experimenter mne_anonymize
Participant sub-07
Digitized points 35 points
Good channels 204 Gradiometers, 102 Magnetometers, 9 Stimulus, 2 EOG, 1 ECG, 2 misc
Bad channels None
EOG channels EOG061, EOG062
ECG channels ECG063
Sampling frequency 250.00 Hz
Highpass 1.00 Hz
Lowpass 40.00 Hz
Filenames sub-07_task-localizer_proc-filt_raw.fif
Duration 00:04:32 (HH:MM:SS)
PSD
Measurement date December 13, 1911 00:00:00 GMT
Experimenter mne_anonymize
Participant sub-emptyroom
Digitized points 35 points
Good channels 204 Gradiometers, 102 Magnetometers
Bad channels None
EOG channels Not available
ECG channels Not available
Sampling frequency 250.00 Hz
Highpass 1.00 Hz
Lowpass 40.00 Hz
Filenames sub-07_task-noise_proc-filt_raw.fif
Duration 00:01:09 (HH:MM:SS)
PSD
Events
Number of events 120
Events coherent/down: 30
coherent/up: 30
incoherent/down: 30
incoherent/up: 30
Time range -0.200 – 1.000 sec
Baseline off
Epoch # event_name coherent/down coherent/up incoherent/down incoherent/up
0 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
1 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
2 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
3 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
4 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
5 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
6 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
7 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
8 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
9 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
10 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
11 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
12 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
13 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
14 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
15 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
16 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
17 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
18 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
19 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
20 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
21 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
22 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
23 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
24 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
25 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
26 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
27 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
28 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
29 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
30 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
31 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
32 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
33 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
34 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
35 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
36 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
37 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
38 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
39 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
40 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
41 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
42 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
43 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
44 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
45 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
46 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
47 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
48 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
49 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
50 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
51 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
52 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
53 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
54 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
55 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
56 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
57 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
58 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
59 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
60 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
61 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
62 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
63 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
64 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
65 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
66 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
67 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
68 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
69 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
70 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
71 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
72 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
73 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
74 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
75 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
76 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
77 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
78 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
79 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
80 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
81 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
82 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
83 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
84 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
85 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
86 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
87 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
88 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
89 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
90 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
91 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
92 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
93 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
94 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
95 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
96 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
97 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
98 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
99 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
100 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
101 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
102 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
103 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
104 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
105 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
106 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
107 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
108 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
109 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
110 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
111 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
112 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
113 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
114 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
115 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
116 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
117 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
118 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
119 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN

120 rows × 6 columns

ERF image (Magnetometers)
ERF image (Gradiometers)
No epochs exceeded the rejection thresholds. Nothing was dropped.
PSD
PSD calculated from 25 epochs (30.0 sec).
Method picard
Fit 210 iterations on epochs (36120 samples)
ICA components 48
Explained variance 99.1 %
Available PCA components 306
Channel types mag, grad
ICA components marked for exclusion ICA032
ICA035
ICA037
ICA044
ICA045
ICA047
Original and cleaned signal
ICA component topographies
Number of events 120
Events coherent/down: 30
coherent/up: 30
incoherent/down: 30
incoherent/up: 30
Time range -0.200 – 1.000 sec
Baseline -0.200 – 0.000 sec
Epoch # event_name coherent/down coherent/up incoherent/down incoherent/up
0 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
1 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
2 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
3 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
4 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
5 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
6 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
7 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
8 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
9 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
10 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
11 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
12 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
13 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
14 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
15 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
16 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
17 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
18 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
19 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
20 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
21 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
22 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
23 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
24 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
25 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
26 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
27 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
28 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
29 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
30 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
31 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
32 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
33 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
34 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
35 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
36 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
37 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
38 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
39 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
40 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
41 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
42 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
43 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
44 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
45 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
46 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
47 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
48 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
49 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
50 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
51 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
52 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
53 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
54 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
55 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
56 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
57 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
58 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
59 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
60 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
61 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
62 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
63 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
64 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
65 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
66 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
67 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
68 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
69 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
70 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
71 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
72 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
73 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
74 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
75 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
76 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
77 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
78 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
79 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
80 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
81 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
82 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
83 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
84 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
85 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
86 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
87 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
88 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
89 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
90 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
91 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
92 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
93 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
94 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
95 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
96 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
97 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
98 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
99 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
100 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
101 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
102 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
103 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
104 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
105 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
106 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
107 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
108 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
109 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
110 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
111 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
112 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
113 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
114 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
115 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
116 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
117 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
118 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
119 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN

120 rows × 6 columns

ERF image (Magnetometers)
ERF image (Gradiometers)
No epochs exceeded the rejection thresholds. Nothing was dropped.
PSD
PSD calculated from 25 epochs (30.0 sec).
Time course (Magnetometers)
Time course (Gradiometers)
Global field power
Whitened
Time course (Magnetometers)
Time course (Gradiometers)
Global field power
Whitened
Time course (Magnetometers)
Time course (Gradiometers)
Global field power
Whitened
Full-epochs Decoding
Each black dot represents the single cross-validation score. The red cross is the mean of all cross-validation scores. The dashed line is expected chance performance.
Decoding performance over time
Time-by-time decoding: 60 × incoherent ./. 60 × coherent
Sensor alignment
Average distance from 26 digitized points to head: 3.87 mm
Covariance matrix
Singular values
  """
hMT+ Localizer
"""
from mne_bids import get_entity_vals

study_name = 'ds003392'
bids_root = f'/storage/store2/data/{study_name}'
deriv_root = f'/storage/store2/derivatives/{study_name}/mne-bids-pipeline/'
subjects_dir = f'{bids_root}/derivatives/freesurfer/subjects'

# subjects = "all"
subjects = sorted(get_entity_vals(bids_root, entity_key='subject'))
exclude_subjects = ["06"]  # projs were applied during acquisition...
# subjects = sorted(list(set(subjects) - set(exclude_subjects)))
# subjects = ['01']
N_JOBS = len(subjects)
# N_JOBS = 1

task = 'localizer'
find_flat_channels_meg = True
find_noisy_channels_meg = True
use_maxwell_filter = True
ch_types = ['meg']

l_freq = 1.
h_freq = 40.
resample_sfreq = 250

# Artifact correction.
spatial_filter = 'ica'
ica_max_iterations = 500
ica_l_freq = 1.
ica_n_components = 0.99
ica_reject_components = 'auto'

# Epochs
epochs_tmin = -0.2
epochs_tmax = 1.0
baseline = (None, 0)

# Conditions / events to consider when epoching
conditions = ['coherent', 'incoherent']

# Decoding
decode = True
contrasts = [('incoherent', 'coherent')]

# Noise estimation
process_er = True
noise_cov = 'emptyroom'

on_error = "debug"

  Platform:         Linux-4.15.0-136-generic-x86_64-with-glibc2.27
Python:           3.9.9 | packaged by conda-forge | (main, Dec 20 2021, 02:41:03)  [GCC 9.4.0]
Executable:       /data/parietal/store/work/agramfor/mambaforge/bin/python3.9
CPU:              x86_64: 88 cores
Memory:           503.8 GB

mne:              1.1.1
numpy:            1.21.6 {blas=NO_ATLAS_INFO, lapack=lapack}
scipy:            1.8.1
matplotlib:       3.4.3 {backend=agg}

sklearn:          0.24.2
numba:            0.55.1
nibabel:          3.2.1
nilearn:          Not found
dipy:             Not found
cupy:             Not found
pandas:           1.3.3
pyvista:          0.32.1 {OpenGL 3.3 (Core Profile) Mesa 20.0.8 via llvmpipe (LLVM 10.0.0, 256 bits)}
pyvistaqt:        0.5.0
ipyvtklink:       Not found
vtk:              9.1.0
qtpy:             1.11.2 {PyQt5=5.12.9}
ipympl:           Not found
pyqtgraph:        Not found
pooch:            v1.6.0

mne_bids:         0.11.dev0
mne_nirs:         Not found
mne_features:     Not found
mne_qt_browser:   Not found
mne_connectivity: Not found
mne_icalabel:     Not found