sub-07, task-localizer

Raw filtered raw run-None

Info raw filtered run-None

Measurement date	December 13, 1911 00:00:00 GMT
Experimenter	mne_anonymize
Participant	sub-07
Digitized points	35 points
Good channels	204 Gradiometers, 102 Magnetometers, 9 Stimulus, 2 EOG, 1 ECG, 2 misc
Bad channels	None
EOG channels	EOG061, EOG062
ECG channels	ECG063
Sampling frequency	250.00 Hz
Highpass	1.00 Hz
Lowpass	40.00 Hz
Filenames	sub-07_task-localizer_proc-filt_raw.fif
Duration	00:04:32 (HH:MM:SS)

Time series raw filtered run-None

Move slider to change view

PSD raw filtered run-None

Empty-Room empty-room raw

Info raw empty-room

Measurement date	December 13, 1911 00:00:00 GMT
Experimenter	mne_anonymize
Participant	sub-emptyroom
Digitized points	35 points
Good channels	204 Gradiometers, 102 Magnetometers
Bad channels	None
EOG channels	Not available
ECG channels	Not available
Sampling frequency	250.00 Hz
Highpass	1.00 Hz
Lowpass	40.00 Hz
Filenames	sub-07_task-noise_proc-filt_raw.fif
Duration	00:01:09 (HH:MM:SS)

Time series raw empty-room

Move slider to change view

PSD raw empty-room

Data Quality raw data-quality run-None

Move slider to change view

Events events

Epochs (before cleaning) epochs

Info epochs

Number of events	120
Events	coherent/down: 30 coherent/up: 30 incoherent/down: 30 incoherent/up: 30
Time range	-0.200 – 1.000 sec
Baseline	off

Metadata epochs

Epoch #	event_name	coherent/down	coherent/up	incoherent/down	incoherent/up
0	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
1	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
2	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
3	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
4	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
5	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
6	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
7	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
8	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
9	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
10	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
11	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
12	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
13	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
14	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
15	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
16	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
17	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
18	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
19	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
20	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
21	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
22	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
23	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
24	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
25	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
26	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
27	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
28	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
29	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
30	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
31	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
32	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
33	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
34	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
35	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
36	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
37	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
38	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
39	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
40	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
41	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
42	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
43	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
44	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
45	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
46	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
47	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
48	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
49	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
50	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
51	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
52	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
53	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
54	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
55	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
56	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
57	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
58	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
59	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
60	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
61	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
62	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
63	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
64	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
65	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
66	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
67	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
68	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
69	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
70	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
71	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
72	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
73	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
74	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
75	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
76	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
77	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
78	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
79	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
80	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
81	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
82	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
83	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
84	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
85	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
86	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
87	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
88	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
89	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
90	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
91	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
92	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
93	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
94	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
95	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
96	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
97	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
98	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
99	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
100	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
101	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
102	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
103	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
104	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
105	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
106	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
107	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
108	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
109	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
110	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
111	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
112	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
113	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
114	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
115	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
116	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
117	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
118	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
119	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN

120 rows × 6 columns

ERF image (Magnetometers) epochs

ERF image (Gradiometers) epochs

Drop log epochs

No epochs exceeded the rejection thresholds. Nothing was dropped.

PSD epochs

PSD calculated from 25 epochs (30.0 sec).

ICA ica

Info ica

Method	picard
Fit	210 iterations on epochs (36120 samples)
ICA components	48
Explained variance	99.1 %
Available PCA components	306
Channel types	mag, grad
ICA components marked for exclusion	ICA032 ICA035 ICA037 ICA044 ICA045 ICA047

Original and cleaned signal ica

ICA component topographies ica

ICA component properties ica

Move slider to change view

Epochs (after cleaning) epochs

Info epochs

Number of events	120
Events	coherent/down: 30 coherent/up: 30 incoherent/down: 30 incoherent/up: 30
Time range	-0.200 – 1.000 sec
Baseline	-0.200 – 0.000 sec

Metadata epochs

Epoch #	event_name	coherent/down	coherent/up	incoherent/down	incoherent/up
0	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
1	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
2	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
3	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
4	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
5	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
6	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
7	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
8	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
9	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
10	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
11	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
12	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
13	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
14	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
15	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
16	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
17	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
18	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
19	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
20	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
21	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
22	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
23	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
24	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
25	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
26	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
27	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
28	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
29	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
30	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
31	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
32	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
33	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
34	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
35	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
36	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
37	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
38	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
39	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
40	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
41	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
42	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
43	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
44	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
45	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
46	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
47	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
48	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
49	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
50	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
51	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
52	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
53	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
54	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
55	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
56	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
57	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
58	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
59	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
60	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
61	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
62	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
63	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
64	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
65	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
66	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
67	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
68	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
69	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
70	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
71	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
72	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
73	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
74	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
75	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
76	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
77	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
78	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
79	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
80	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
81	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
82	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
83	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
84	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
85	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
86	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
87	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
88	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
89	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
90	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
91	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
92	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
93	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
94	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
95	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
96	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
97	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
98	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
99	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
100	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
101	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
102	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
103	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
104	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
105	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
106	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
107	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
108	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
109	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
110	coherent/down	0.000	NaN	NaN	NaN
111	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN
112	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
113	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
114	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
115	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
116	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
117	coherent/up	NaN	0.000	NaN	NaN
118	incoherent/up	NaN	NaN	NaN	0.000
119	incoherent/down	NaN	NaN	0.000	NaN

120 rows × 6 columns

ERF image (Magnetometers) epochs

ERF image (Gradiometers) epochs

Drop log epochs

No epochs exceeded the rejection thresholds. Nothing was dropped.

PSD epochs

PSD calculated from 25 epochs (30.0 sec).

Condition: coherent coherent evoked

Time course (Magnetometers) evoked coherent

Time course (Gradiometers) evoked coherent

Topographies evoked coherent

Move slider to change view

Global field power evoked coherent

Whitened evoked coherent

Condition: incoherent evoked incoherent

Time course (Magnetometers) evoked incoherent

Time course (Gradiometers) evoked incoherent

Topographies evoked incoherent

Move slider to change view

Global field power evoked incoherent

Whitened evoked incoherent

Contrast: incoherent+coherent contrast evoked incoherent+coherent

Time course (Magnetometers) evoked contrast incoherent+coherent

Time course (Gradiometers) evoked contrast incoherent+coherent

Topographies evoked contrast incoherent+coherent

Move slider to change view

Global field power evoked contrast incoherent+coherent

Whitened evoked contrast incoherent+coherent

Full-epochs Decoding epochs contrast decoding incoherent–coherent

Time-by-time decoding: incoherent ./. coherent contrast decoding epochs incoherent-coherent

Decoding performance over time epochs contrast decoding incoherent-coherent

BEM bem

axial bem

Move slider to change view

sagittal bem

Move slider to change view

coronal bem

Move slider to change view

Sensor alignment coregistration

Noise covariance covariance

Covariance matrix covariance

Singular values covariance

Source: coherent source-estimate coherent

Move slider to change view

Source: incoherent source-estimate incoherent

Move slider to change view

Configuration file configuration

  """
hMT+ Localizer
"""
from mne_bids import get_entity_vals

study_name = 'ds003392'
bids_root = f'/storage/store2/data/{study_name}'
deriv_root = f'/storage/store2/derivatives/{study_name}/mne-bids-pipeline/'
subjects_dir = f'{bids_root}/derivatives/freesurfer/subjects'

# subjects = "all"
subjects = sorted(get_entity_vals(bids_root, entity_key='subject'))
exclude_subjects = ["06"]  # projs were applied during acquisition...
# subjects = sorted(list(set(subjects) - set(exclude_subjects)))
# subjects = ['01']
N_JOBS = len(subjects)
# N_JOBS = 1

task = 'localizer'
find_flat_channels_meg = True
find_noisy_channels_meg = True
use_maxwell_filter = True
ch_types = ['meg']

l_freq = 1.
h_freq = 40.
resample_sfreq = 250

# Artifact correction.
spatial_filter = 'ica'
ica_max_iterations = 500
ica_l_freq = 1.
ica_n_components = 0.99
ica_reject_components = 'auto'

# Epochs
epochs_tmin = -0.2
epochs_tmax = 1.0
baseline = (None, 0)

# Conditions / events to consider when epoching
conditions = ['coherent', 'incoherent']

# Decoding
decode = True
contrasts = [('incoherent', 'coherent')]

# Noise estimation
process_er = True
noise_cov = 'emptyroom'

on_error = "debug"

System information mne-sysinfo

  Platform:         Linux-4.15.0-136-generic-x86_64-with-glibc2.27
Python:           3.9.9 | packaged by conda-forge | (main, Dec 20 2021, 02:41:03)  [GCC 9.4.0]
Executable:       /data/parietal/store/work/agramfor/mambaforge/bin/python3.9
CPU:              x86_64: 88 cores
Memory:           503.8 GB

mne:              1.1.1
numpy:            1.21.6 {blas=NO_ATLAS_INFO, lapack=lapack}
scipy:            1.8.1
matplotlib:       3.4.3 {backend=agg}

sklearn:          0.24.2
numba:            0.55.1
nibabel:          3.2.1
nilearn:          Not found
dipy:             Not found
cupy:             Not found
pandas:           1.3.3
pyvista:          0.32.1 {OpenGL 3.3 (Core Profile) Mesa 20.0.8 via llvmpipe (LLVM 10.0.0, 256 bits)}
pyvistaqt:        0.5.0
ipyvtklink:       Not found
vtk:              9.1.0
qtpy:             1.11.2 {PyQt5=5.12.9}
ipympl:           Not found
pyqtgraph:        Not found
pooch:            v1.6.0

mne_bids:         0.11.dev0
mne_nirs:         Not found
mne_features:     Not found
mne_qt_browser:   Not found
mne_connectivity: Not found
mne_icalabel:     Not found

Table of contents